Разберёмся, что произошло в финале и что всё это значит.
Дальше — спойлеры всего сериала.
Мир "Эрго Прокси" — постапокалиптическая Земля, покрытая ядовитым смогом. Выжившие люди обитают под куполами городов, их обслуживают андроиды-авторейвы. Каждым куполом управляет существо, известное как Прокси, — сверхсильная сущность, созданная настоящими землянами, которые покинули планету, пока она была непригодна для жизни.
Весь сюжет — это путешествие трёх героев: инспектора Рил Мэйер, тихого иммигранта Винсента Лоу и заражённого вирусом "Когито" авторейва Пино. По мере продвижения они узнают правду о себе и устройстве мира.

Главное откровение: Винсент Лоу и есть Эрго Прокси — один из Прокси-надзирателей, утративший память. Он отвечал за купол города Моск (аллюзия на Москву). Когда-то он влюбился в другого Прокси — Монаду, и, разочаровавшись в своём предназначении, стёр себе память и начал жизнь заново в городе Ромдо.
В финале Винсент/Эрго Прокси принимает свою истинную природу. Он возвращается в Ромдо, где к этому моменту разворачивается хаос: Дедал погибает под обломками, Рауль Крид тоже гибнет. Рил Мэйер выживает.
А дальше — ключевой момент.
Облака рассеиваются, и сквозь тучи видны корабли настоящих землян, возвращающихся на очищенную планету. Дело в том, что Прокси были нужны лишь на время восстановления экологии, и в них была заложена уязвимость к солнечному свету. Солнце для Прокси — смерть.
Люди-создатели с самого начала планировали избавиться от своих "надзирателей", как только те выполнят задачу.
Финал остаётся открытым. Винсент стоит, глядя на прибывающие корабли, и готовится к новой битве — на этот раз за своё право на существование. Последняя сцена не даёт ответа, победит ли он. На этот вопрос зрителям, по всей видимости, нужно отвечать самим.